วัดกลางบางแก้ว นั้นเดิมมีชื่อว่า “วัดคงคาราม” จากสภาพโบราณวัตถุภายในวัดเป็นต้นว่า พระอุโบสถ ใบเสมาและวิหาร ตลอดจนพระพุทธรูปหินทรายในพระอุโบสถ พอจะสันนิษฐานได้ว่า เป็นวัดที่สร้างขึ้นมาในสมัยอยุธยาและได้รับการปฏิสังขรณ์สืบต่อกันเรื่อยมา และหากจะพิจารณาดูสภาพทั่วไปแล้วก็พอสันนิษฐานได้ว่าเป็นวัดที่เคยเจริญรุ่งเรืองมาแต่ในสมัยอดีต เพราะมีถาวรวัตถุหลายอย่างที่แสดงให้เห็นได้ว่ามีการก่อสร้างสืบเนื่องกันต่อ ๆ มา เช่น ภาพจิตรกรรมฝาผนังในพระอุโบสถ ซึ่งมีความงดงามอันแสดงถึงฝีมือช่างเมื่อครั้งยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ และหากจะอ่านในนิราศพระปฐมของท่านกวีสุนทรภู่แล้วก็จะเห็นได้ว่า ในครั้งนั้นวัดคงคารามได้เจริญ รุ่งเรืองใหญ่โตซึ่งท่านสุนทรภู่ได้เขียนไว้ว่า

ถึงบางแก้วมองเขม้นไม่เห็นแก้ว
เห็นแต่แนวคงคาพฤกษาสลอน
มีวัดหนึ่งโตใหญ่ใกล้สาคร
สง่างอนช่อฟ้าศาลาตะพาน
คูเบื้องบนอาวาสก็ลาดเลื่อน
ต้นตะเคียนร่มรกปกวิหาร

ซึ่งหมายถึง วัดกลางบางแก้ว ซึ่งอยู่ริมแม่น้ำนครชัยศรีนั่นเอง


    

ต่อมาในครั้งพระมหาสมณเจ้ากรมพระวชิรญาณวโรรส สังฆราชเจ้าเสด็จมาวัดคงคารามเห็นว่าเป็นวัดที่อยู่ริมแม่น้ำนครชัยศรีตรงปากคลองบางแก้ว และในละแวกนั้นมีวัดใกล้เคียงอยู่อีก 2 วัด ซึ่งมีอาณาเขตวัดติดต่อกัน คือด้านใต้ติดกับ วัดใหม่สุประดิษฐ์ และทิศตะวันตกเขตติดต่อกับ วัดตุ๊กตา จึงได้ประทานชื่อใหม่ให้ว่า วัดกลางบางแก้ว” ในราวปี พ.ศ. 2465 ซึ่งเป็นสมัยที่หลวงปู่ได้ครองตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดกลางบางแก้วแล้ว         
สำหรับเจ้าอาวาสที่ปกครองวัดกลางบางแก้วนั้น เท่าที่สืบขึ้นไปในอดีตสามารถจะสืบได้เพียง 3 องค์เท่านั้น ที่ถัดต่อจากหลวงปู่บุญขึ้นไป ส่วนก่อนนั้นเป็นใครไม่สามารถสืบได้เนื่องจากเป็นเวลาช้านาน ทั้งนี้เนื่องจากเจ้าอาวาสองค์ก่อนหลวงปู่บุญคือพระปลัดทองนั้นครองเจ้าอาวาสอยู่นานมาก เล่ากันว่าท่านมีอายุถึง 90 กว่าปี ประมาณได้ว่าท่านเป็นเจ้าอาวาสอยู่คงไม่น้อยกว่า 40 ปี พระปลัดทองมรณภาพเมื่อราวปี พ.ศ.2418 หากจะย้อนไปอีก 40 ปี ก็จะเป็นปี พ.ศ. 2378 ซึ่งนับว่าเป็นเวลานานเกินที่จะมีใครจำความได้เนื่องจากคนยุคนั้นขาดช่วงตอนการสืบทอดไปแล้ว

ดังนั้นลำดับเจ้าอาวาสวัดกลางบางแก้วเท่าที่ลำดับได้ถึงปัจจุบัน จึงมีดังนี้

  1. เจ้าคุณในตึก” ไม่ทราบนามจริง รู้เพียงว่าเป็นเจ้านายในราชวงศ์มาครองอยู่ปลูกกุฏิตึกไว้หลังหนึ่ง เป็นฝ่ายวิปัสสนา
  2. พระปลัดทอง มรณภาพราวปี พ.ศ. 2418
  3. พระอธิการแจ้ง หรือชาวบ้านเรียกว่า “หลวงพ่อแก่” มรณภาพราวปี พ.ศ. 2428
  4. พระพุทธวิถีนายก (หลวงปู่บุญ ขนฺธโชติ) เป็นเจ้าอาวาส ปี พ.ศ. 2429 ถึงปี พ.ศ. 2478รวม 49ปี
  5. พระปลัดหล่อ รักษาการอยู่ 4 ปี
  6. พระพุทธวิถีนายก (เพิ่ม ปุญญวสโน) เป็นเจ้าอาวาสปี พ.ศ. 2482 ถึงปี พ.ศ. 2526 รวม 44 ปี
  7. พระปลัดใบ คุณวีโร รักษาการเจ้าอาวาสถึง พ.ศ.  2526
  8. พระครูสิริชัยคณารักษ์ เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน

     ปัจจุบันวัดกลางบางแก้วได้เจริญรุ่งเรืองขึ้นเป็นอย่างมาก เนื่องจากได้รับการก่อสร้างต่อ เนื่องจากครั้งสมัยหลวงปู่บุญ ซึ่งได้สร้างถาวรวัตถุต่าง ๆ ไว้มาก และครั้นถึงสมัยหลวงปู่เพิ่มก็ได้ทำนุบำรุงให้เจริญงดงามยิ่งขึ้นจนได้รับการยกขึ้นเป็นวัดพัฒนาตัวอย่างในปัจจุบัน